Die Bruderschaften der Annunziata und des San Leonardo wurden vom lettischen Bischof Stefano Grube (1474-1480), der dem Deutschen Orden angehörte, mit dem Zweck gegründet, den Pilgern Unterkunft zu geben, die auf der Via Traiana zu den Wallfahrtsorten auf dem Monte Sant´Angelo und der „Madonna Incoronata“ unterwegs waren und dabei an Troia vorbeikamen. Sie hatten auch soziale Aufgaben, wie Verstorbenen auf ihrem letzten Weg das Geleit zu geben und ausgesetzte Neugeborene aufzunehmen. Heute noch ist die Drehscheibe der „Projetti” (Ausgesetzten) in der Via Municipio zu sehen. Die Kinder wurden großgezogen, die Knaben erhielten eine Ausbildung und die Mädchen eine Aussteuer. Die Zahl der Mitglieder der beiden Bruderschaften nahm im Laufe der Zeit immer mehr ab und erst im Jahr 2004 wurden die Bruderschaften der Annunziata und des San Leonardo wieder aufgebaut. Die Brüder tragen eine Kutte und eine grüne Mozzetta mit einem Medaillon und begleiten am Karfreitag die Statue des „Crocifisso Miracoloso“ (Wundertätigen Kreuzes).
Die Bruderschaft der Stigmata des San Francesco und der Santissima Addolorata wurde von Bischof Emilio Giacomo Cavalieri am 9. April 1699 gegründet. Der Zweck war jener, den Kult des San Francesco d’Assisi und der Vergine Addolorata zu fördern, an den wichtigsten Prozessionen teilzunehmen, mildtätige Werke zu verrichten und für die Bestattung und die Seelenmesse verstorbener Mitbrüder zu sorgen. Die Bruderschaft gab sich 1915 eine flexiblere Satzung und 1923 begann der Bau ihrer eigenen Friedhofskapelle. Mit dieser Garantie auf ein würdevolles Begräbnis stieg die Zahl der Mitglieder vernehmlich an. Im letzten Jahrzehnt erfuhr die Bruderschaft eine deutliche Aufwertung. Das traditionelle Gewand der Bruderschaft besteht aus einem langen weißen Hemd, einer roten, mit Gold eingefassten Mozzetta und einem Medaillon mit dem Bild der Schmerzhaften Jungfrau und Franziskanerarmen. Die Bruderschaft nimmt an den Prozessionen der Karwoche teil und trägt das Simulakrum der Madonna Addolorata.
Die Erzbruderschaft des Santissimo Sacramento wurde von Bischof Giannozio Pandolfini (1484-1519) gegründet, mit dem Zweck, den Eucharistiekult in der Kathedrale der Stadt aufrechtzuerhalten und die feierlichen Riten am Gründonnerstag und Karfreitag und zu Fronleichnam zu pflegen und das Ewige Licht am Tabernakel stets am Brennen zu halten. Die Mitglieder durften niemals mehr als zwanzig an der Zahl sein und mussten einem hohen sozialen Stand angehören. Die Bruderschaft erhielt von Papst Leo X umgehend die Ablässe des Allerheiligsten Sakraments, die der gleichnamigen Bruderschaft von San Lorenzo in Damaso in Rom von Papst Julius III gewährt worden waren. Am 22. April 1550 erhielt sie von Papst Julius III den Titel Erzbruderschaft. Der Bruderschaft wurde eine Kapelle in der alten Sakristei der Kathedrale zuerkannt und sie erhielt eine Satzung, die die Form, die Verwaltung der Schenkungen und die Bestattung der Mitbrüder und Mitschwestern sowie der Kanoniker regelte.
