Una funzione importantissima a cura della Confraternita è quella che viene svolta il Giovedì Santo cioè il Pellegrinaggio dei Perduni coppie di Confratelli che scalzi ed incappucciati in segno di penitenza procedendo sempre lentamente e Nazzicando (dondolando lentamente da sinistra a destra), si recano dalla sede della Confraternita in Chiesa Madre per adorare Gesù Eucarestia. Questa è una funzione antichissima ereditata direttamente dai Monaci Carmelitani che ogni anno, devotamente lasciavano il Monastero e percorrendo il monte Palestinese giungevano fino al luogo dove era stato deposto Nostro Signore, qui pregavano e meditavano la Passione di Cristo. Successivamente a causa delle incursioni Saracene intorno al 1235 i Monaci giunsero in Europa e non potendo più raggiungere la Palestina dovettero accontentarsi dopo aver chiesto ed ottenuto il permesso dalla Chiesa di adorare Gesù Eucaristia. Nelle rispettive sedi il Giovedì Santo, giorno in cui se ne ricorda l'istituzione da parte del Signore nell'ultima cena. Questa funzione attira nel Paese tantissima gente che vuole seguire il Pellegrinaggio dei Confratelli e ammirare i Sepolcri.
Intorno alle ore 15,30, il portone dell'antica sede della Confraternita si apre e lascia uscire il primo Confratello che a volto coperto e piedi nudi, impugnando con una mano il bordone e con l'altra la troccola, varca la soglia della Chiesa della Confraternita è da inizio alla Processione del Venerdì Santo, che a Pulsano viene svolta da oltre tre secoli. Questa Processione è la funzione più bella, la più significativa, la più sentita, e la più impegnativa, che attira nel territorio di Pulsano (TA) tantissimi fedeli, è composta da tre simboli: Troccola, Gonfalone e Croce dei Misteri e da otto statue rappresentanti la Passione di Cristo. La Troccola è uno strumento in legno, lungo circa un metro con 6 battenti in metallo che quando non viene suonata il Troccolante (colui che porta la troccola) la tiene ben stretta sotto il braccio affinchè non produca alcun rumore. Il Gonfalone nero della Confraternita manifesta il lutto è a forma di vela ed ha al centro una tela tonda dipinta a mano raffigurante la Madonna del Carmine e le anime del Purgatorio. Dopo il Gonfalone un altro simbolo molto importante della Processione è la Croce dei Misteri, su cui sono infissi tutti i simboli della passione di Cristo, dopo questi tre simboli la Processione continua con l'uscita delle Statue dei Misteri che oltre ad essere estremamente espressive, sono di eccezionale bellezza e di inestimabile valore artistico. Sono tutte in legno con occhi di cristallo e scolpite a mano da scultori di scuola napoletana le prime statue cioè Cristo all'Orto, alla Colonna, Ecce Homo e Gesù Cadente furono realizzate dallo scultore Giuseppe Greco nel 1834/36, mentre quella del Cristo Morto è stata realizzata dallo scultore napoletano Giuseppe Pagano nel 1799 scolpita in un unico blocco di legno. Di autore ancora ignoto invece risulta la statua della Vergine Santissima Addolorata anch'essa lignea che però risulta inventariata nei registri dei beni mobili della Confraternita fin dai primi del 700. L'unica statua non in legno è quella del Crocifisso, realizzata in cartapesta di scuola leccese ma anche essa di pregevole fattura e con occhi di cristallo. I simboli e le statue attraversano le vie del Paese Nazzicando cioè dondolando lentamente da sinistra a destra a ritmo delle tipiche marce o meglio dire opere funebri eseguite dai Complessi bandistici ingaggiati per l'occasione. La Statua di Gesù Morto di eccezionale bellezza artistica, è scortata da due Carabinieri in Alta Uniforme e da quattro Cavalieri posti d'onore, riservati un tempo ai nobili del paese, ora ai fedeli che si distinguono particolarmente per le opere buone nei confronti della Confraternita e della Chiesa, la cui scelta è prerogativa del Priore del Sodalizio. Giunta la sera, quando il sole ormai calante,distende i suoi ultimi raggi nel cielo, formando delle sfumature color pesco che incorniciano le statue in uno spettacolare sfondo, le particolari armonie musicali muovono le statue che Nazzicando, Nazzicando si apprestano a compiere il loro lavoro evangelico. Alle tre di notte il troccolante bussa tre volte al portone della Confraternita questo si spalanca per far rientrare tutti i pellegrini e lentamente rientrano i simboli e le statue dei Misteri la suggestiva processione termina alle prime ore del mattino.
